Prélèvements à visée microbiologique

François Vandenesch, Coralie Bouchiat

Description

Le diagnostic microbiologique des infections bronchopulmonaires repose sur l’analyse cytobactériologique des sécrétions produites. Sa fiabilité dépend de la qualité du prélèvement réalisé. Il faut pour cela se souvenir que l’arbre respiratoire se divise en deux zones anatomiques : la partie supérieure colonisée par la flore commensale, et les voies aériennes sous-glottiques, stériles ( Figure S22-P1-C6-1). Lors d’une infection, il conviendra donc que le prélèvement, réalisé au niveau des voies aériennes inférieures, ne soit pas contaminé par la flore des voies aériennes supérieures.

Sujets

• Pneumologie

Informations

• Publié par: Editions du Traité de Médecine
• Date de parution: 01 janvier 2020
• Nombre de lectures: 0
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 1 Mo

Extrait

Chapitre S22-P01-C06 Prélèvements à visée microbiologique

C B F V ORALIE OUCHIAT ET RANÇOIS ANDENESCH

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Le diagnostic microbiologique des infections bronchopulmonaires repose sur l’analyse cytobactériologique des sécrétions produites. Sa fiabilité dépend de la qualité du prélèvement réalisé. Il faut pour cela se souvenir que l’arbre respiratoire se divise en deux zones anato- miques : la partie supérieure colonisée par la flore commensale, et les voies aériennes sous-glottiques, stériles (Figure S22-P01-C06-1). Lors d’une infection, il conviendra donc que le prélèvement, réalisé au niveau des voies aériennes inférieures, ne soit pas contaminé par la flore des voies aériennes supérieures. Parmi les prélèvements réalisables, on trouve les expectorations, les aspirations trachéobronchiques, le lavage broncho-alvéolaire et le pré- lèvement distal protégé. Le choix du type de prélèvement à réaliser est fonction de la sévérité clinique de l’infection, ainsi que des moyens techniques à disposition. Il sera par exemple tout à fait inapproprié de vouloir réaliser un lavage broncho-alvéolaire chez un patient peu sévère au cabinet du médecin traitant, tout comme il paraît inadapté de recueillir les expectorations d’un patient intubé-ventilé. D’autre part, le type de prélèvement à réaliser dépend du pathogène recherché. Celui-ci peut parfois être orienté par le contexte clinique. On distingue notamment la pneumopathie communautaire, l’exacerbation de bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), la pneumo- pathie nosocomiale, acquise sous ventilation ou non, la pneumopathie de l’immunodéprimé et la mucoviscidose.

Prélèvements

Expectorations

L’examen cytobactériologique des crachats (ECBC) constitue l’analyse de base des infections peu sévères d’exacerbation de bronchite chronique, du patient atteint de mucoviscidose ou encore du diagnostic de tubercu- lose pulmonaire. Il peut être réalisé par le patient lui-même.

Bronche droite principale

Figure S22P01C061

Trachée

Bronchioles

Alvéoles

Anatomie de l’arbre trachéobronchique.

S22P01C06  Prélèvements à visée microbiologique

Bien que d’aspect simple, le recueil des expectorations se retrouve très souvent dilué par la salive et contaminé par la flore oropharyn- gée. Pour être de bonne qualité, le prélèvement doit être réalisé de préférence le matin, à jeun et après un rinçage à l’eau distillée stérile de la cavité buccale. Les expectorations seront recueillies suite à un effort de toux, éventuellement aidée par kinésithérapie, dans un pot stérile. Dans le cas particulier de recherche de mycobactéries, les sécrétions bronchiques seront récupérées le matin, à jeun, pendant 3 jours consécutifs.

Aspiration trachéobronchique

L’aspiration trachéobronchique, ou endotrachéale, est réalisée à l’aide de la sonde d’intubation. Bien qu’à fort risque de contamination, ce prélèvement présente l’avantage d’obtenir des sécrétions relative- ment profondes sans pour autant avoir recours à un geste plus invasif, parfois contre-indiqué. Cette technique est notamment privilégiée en réanimation où les patients sont intubés et présentent des tableaux cli- niques graves.

Lavage bronchoalvéolaire

Le lavage broncho-alvéolaire (LBA) est une technique invasive mais qui présente l’avantage d’obtenir des prélèvements proches d’un foyer infectieux profond et peu contaminés. Un fibroscope est introduit e e jusqu’aux bronches de 3 et 4 générations, permettant d’échantillon- ner les bronchioles distales et les alvéoles. Une fois positionné, des échantillons successifs de 50 ml de sérum physiologique sont instillés à travers le fibroscope, puis ré-aspirés à 20 à 60 % du volume. Le pre- mier aliquot ne sera toutefois pas utilisé pour l’analyse bactériologique. La limite de cette technique est liée au degré d’insuffisance respiratoire du patient, qui doit être suffisamment stable pour supporter l’examen. Cette méthode requiert également que le patient soit sédaté et que l’opérateur soit expérimenté. Une variante moins contraignante consiste à instiller un volume plus faible de sérum physiologique, environ 20 ml, à l’aide d’un cathéter positionné à l’aveugle dans l’arbre trachéobronchique. Seuls 3 à 5 ml seront ré-aspirés, il s’agit du mini-LBA.

Prélèvement distal protégé

Le prélèvement distal protégé (PDP) reste la technique de référence pour le diagnostic microbiologique de pneumopathie. Méthode la plus invasive, elle permet également d’obtenir les prélèvements de la meil- leure qualité. Après insertion du fibroscope au niveau de la zone sus- pecte d’infection, l’embout distal est expulsé, le cathéter démasqué et le prélèvement réalisé. Le cathéter ne sera remonté qu’après avoir été de nouveau masqué dans le fibroscope ou le guide, évitant toute conta- mination par la flore. En pratique courante, le prélèvement se fait plu- tôt à l’aveugle. Le cathéter est ensuite déposé stérilement dans un tube contenant 1 ml de sérum physiologique puis adressé au laboratoire. Ce cathéter peut également être remplacé par une petite brosse.

Autres prélèvements

Le diagnostic des infections pulmonaires nécessite également le pré- lèvement d’hémocultures notamment dans les atteintes parenchy- mateuses, volontiers bactériémiques.

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