Pratique en microbiologie de laboratoire : Recherche de bactéries et de levures-moisissures

Camille Delarras

Description

Après un rappel théorique sur le monde des bactéries et une présentation des bases techniques utiles de la microbiologie, Pratique en microbiologie de laboratoire s’attache à définir et à caractériser :

• les bactéries Gram + : Bacillus et ex-Bacillus, Clostridium, Listeria, Staphylococcus et Micrococcus, Streptococcus et Enterococcus ;

• les bactéries Gram – : Campylobacter, Enterobactéries, Legionella, Leptospira, Pseudomonas et ex-Pseudomonas, Vibrio ;

• les micro-organismes totaux et les levures-moisissures.

Tous ces micro-organismes sont recherchés dans l’analyse ou le contrôle sanitaire des aliments, des eaux, des produits pharmaceutiques et cosmétiques, ainsi que dans l’environnement hospitalier et industriel. Pour chaque type de micro-organisme sont présentés en détail la classification phylogénique, l’habitat, la surveillance et l’épidémiologie, les caractères principaux et spécifiques éventuels, les protocoles de recherche et de leur dénombrement dans les différents produits destinés à l’Homme et, enfin, leur identification.

Pratique, didactique et accompagné de fiches synthétiques, cet ouvrage intègre les plus récentes données techniques et scientifiques, fondées sur plus de 200 références bibliographiques.

Ouvrage de référence pour les techniciens des laboratoires d’analyses des secteurs alimentaire, pharmaceutique, cosmétique, environnemental, ainsi que pour les professionnels du contrôle sanitaire, il pourra également constituer un support pédagogique pour les enseignants et les étudiants des 1er et 2e cycles (BTS, DUT, licences pros et masters) dans les domaines de la microbiologie, de l’environnement et du développement durable.

Informations

• Publié par: Tec & Doc - Editions Lavoisier
• Date de parution: 20 mai 2014
• Nombre de lectures: 87
• EAN13: 9782743065652
• Licence : Tous droits réservés
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 8 Mo

Extrait

Camille Delarras
PRATIQUE
EN MICROBIOLOGIE
DE LABORATOIRE
Recherche de bactéries et de levures-moisissuresPratique en microbiologie
de laboratoire
Recherche de bactéries et de levures-moisissures
Camille Delarras
Ancien maître de conférences en microbiologie à l’IUT de Brest
www.editions.lavoisier.frChez le même éditeur
Le technicien d'analyses biomédicales
eJ. Béraud, 2 édition, 2014
Comportements et consommations alimentaires en France
P. Hébel, coord., 2012
Aliments fonctionnels
Collection « Sciences et techniques agroalimentaires »
M. Roberfroid, B. Coxam, N. Delzenne, coord., 2008
Analyse des risques alimentaires
Collection « Sciences et techniques agroalimentaires »
M. Feinberg, P. Bertail, J. Tressou, P. Verger, coord., 2006
Droit communautaire et international de la sécurité des aliments
M. Lewandowski-Arbitre, 2006
Risques et crises alimentaires
Collection « Sciences et techniques agroalimentaires »
C. Lahellec, coord., 2005
Les comportements alimentaires
Collection « Sciences et techniques agroalimentaires »
D. Chapelot, J. Louis-Sylvestre, coord., 2004
Direction éditoriale : Emmanuel Leclerc
Édition : Céline Poiteaux
Fabrication : Estelle Perez
Couverture et mise en pages : Patrick Leleux PAO
Images de couverture : © Dmytro Sukharevskyy © Sebastian Kaulitzki - Fotolia.com
© 2014, Lavoisier, Paris
ISBN : 978-2-7430-1565-7Avant-propos
« Les risques microbiologiques liés aux denrées alimentaires constituent une
source majeure de maladies d’origine alimentaire chez l’Homme. »
Règlement (CE) n° 2073/2005 du 15 novembre 2005 concernant les critères microbiologiques
applicables aux denrées alimentaires (Journal Officiel de l’Union européenne du 22 décembre 2005, L398/1).
• M i c ro - o r g a ni s m e sr e c h e r c h é s
Les bactéries font l’objet des chapitres spécifiques 3 à 8 et 10 à 15 ; le chapitre
9 traite des levures et des moisissures.
Pour la recherche des bactéries, sont proposées :
– une partie théorique comportant « classifications, habitats, surveillance et
épidémiologie, caractères principaux et éventuellement spécifiques » ;
– une partie pratique présentant les protocoles de recherche et de
dénombrement des micro-organismes dans les différents produits destinés à
l’homme, en incluant les milieux de culture utilisés ; cette présentation
est complétée par l’identification de ces micro-organismes à l’aide de
®la micro-méthode API bioMérieux SA et/ou de milieux chromogènes
d’identification.
• P ro d u i t sàa n a l y s e ro uàc o n t rô l e r
Pour les eaux, les analyses microbiologiques ont fait l’objet de la deuxième
édition de Surveillance sanitaire et microbiologique des eaux (2010). Cependant,
des éléments nouveaux ou essentiels sont rapportés ici, ainsi que les chapitres
spécifiques pour les eaux « Legionella », « Leptospira » et « Vibrio » avec des
nouveautés.
Pour les denrées alimentaires, sont présentées les analyses
microbiologiques imposées par le règlement (CE) n° 2073/2005 de la Commission des
Communautés européennes du 15 novembre 2005, modifiées par le règlement
(CE) n° 1441/2007 du 5 décembre 2007.IV P r a t i q u ee nm i c ro b i o l o g i ed el a b o r a t o i r e
Pour les produits pharmaceutiques, seuls quelques éléments d’informations sont
apportés, sans entrer dans les détails des Pharmacopées française et européenne.
Pour les produits cosmétiques, le contrôle microbiologique est exposé dans
les chapitres concernés, en se fondant sur les données actuelles et sur la nouvelle
réglementation ; par ailleurs, le lecteur pourra également prendre connaissance
des informations sur les produits cosmétiques (sources de contamination…)
dans le chapitre 11 d’un précédent ouvrage (Delarras, 2007).
Pour l’environnement hospitalier et industriel, des éléments sont proposés en
s’appuyant principalement sur les données des fabricants de milieux de culture.
• M i l i e u xd ec u l tu r e
Les milieux de culture d’usage courant, d’isolement, d’identification, etc., pour
la microbiologie médicale, alimentaire, des eaux, des produits cosmétiques et
pharmaceutiques présentés dans cet ouvrage résultent de notre choix. Leur composition
chimique est reproduite avec l’aimable autorisation des fabricants ou distributeurs
®de ces produits : AES Chemunex (A bioMérieux Company), bioMérieux SA,
Bio-Rad, Laboratoires Humeau et VWR International SAS (produits Merck) (se
reporter à l’annexe 6 pour les adresses des fabricants et à la bibliographie).
Les informations techniques relatives à la lecture et à l’interprétation de ces
milieux sont établies à partir des fiches techniques des milieux de culture de
ces fabricants, mais aussi parfois à partir de la bibliographie. La disponibilité
commerciale indiquée pour les milieux de culture (milieu déshydraté, flacons,
tubes, boîtes de Petri…) est purement indicative car elle peut être modifiée à
tout moment par le fabricant.
Par ailleurs, les utilisateurs de ces milieux de culture doivent impérativement
prendre connaissance des précautions d’utilisation, des conditions de stockage,
du mode opératoire, du contrôle de qualité, des performances, de l’élimination
des déchets, etc., mentionnés dans les fiches techniques des fabricants, toutes
ces informations ne pouvant être reprises dans cet ouvrage.
Les normes NF et/ou EN et/ou ISO (Afnor) relatives aux méthodes de travail
en microbiologie et aux milieux de culture (mentionnés dans les fiches
techniques des fabricants) sont simplement citées à titre d’information, car elles ne
sont pas reproductibles.
• C l a s s i f i c a t i o nd e sb a c t é r i e sr e c h e r c h é e s
Les bactéries recherchées en microbiologie des aliments, des eaux, clinique
ou autres sont classées dans cet ouvrage dans la nouvelle classification
phylogéenique (Larpent, 2000 ; Bergey’s manual of systematic bacteriology, 2 edition,
2004) avec des mises à jour éventuelles. L’objectif est de fournir une base de
classification de ces bactéries, sachant que celle-ci est en évolution permanente
avec des remaniements taxonomiques et la description de nouvelles espèces ou
sous-espèces.Avant-propos V
Pour les salmonelles, la taxonomie actuelle de ces germes (2005) est
présentée dans le chapitre 6 « Enterobacteriaceae (entérobactéries) ». Les sérovars de
la sous-espèce Salmonella enterica subsp. enterica cités dans cet ouvrage sont
écrits sous la forme recommandée ; par exemple Salmonella Typhi a comme
dénomination complète Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Typhi.
• M é t h o d e sd et r a v ai ld el ab i o l o g i em o l é c u l ai r e
Les méthodes de travail de la biologie moléculaire (polymerase chain
reaction ou PCR, reverse transcriptase-PCR ou RT-PCR, real-time PCR) sont
illustrées seulement par des exemples de PCR en temps réel (Campylobacter,
Cronobacter, Legionella, Listeria, Salmonella). Toutefois, la présentation
complète de ces méthodes sort du cadre de cet ouvrage.
• N o u v e a u xs e r v i c e sd el ’ É t a t
Dans le cadre de la modernisation de l’État, le gouvernement a lancé en juin
2007 la révision générale des politiques publiques (RGPP) qui a pour effet de
regrouper des services de l’État.
Voici un tableau de correspondance entre les nouvelles et les anciennes
directions de l’État citées.
Tableau 1. N o u v e l l e sd i r e c t i o n sd el ’ É t a t .
1Nouvelles directions
Regroupant...
(noms et sigles)
DREAL, DDEA
D i r e c ti o n sr é g i o n a l e sd e
l ’ e n v i r o n n e m e n t ,d el ’ a m é n a g e m e n te t
D i r e n ,D R Ee tD r i r e
d ul o g e m e n t
2 erDREAL ( c r é a ti o na u1 j a n v i e r2 0 0 9 )
D i r e c ti o n sd é p a r t e m e n t a l e sd e
2 l ’ é q u i p e m e n te td el ’ a g r i c u l t u r eDDEA
er er( c r é a ti o na u1 j a n v i e r2 0 0 9e ta u1 L ’ e s s e n ti e ld el ’ e x - D D Ee tl aD d a f
j a n v i e r2 0 1 0s u i va n tl e sd é p a r t e m e n t s )
( voirci- d e ss ousDDT )
Directions départementales interministérielles DDI
(création au 4 décembre 2009, au nombre de 2 ou 3 suivant les départements)
e1r direction : DDT ou DDTM
erC r é a ti o na u1 j a n v i e r2 0 1 0
DDT
D D E A( v o i rc i - d e s s u s )e tu n ep a r ti ed e s
D i r e c ti o n sd é p a r t e m e n t a l e sd e s
s e r v i c e sd el aP r é f e c t u r e
t e r r i to i r e sVI P r a t i q u ee nm i c ro b i o l o g i ed el a b o r a t o i r e
Tableau 1. suite
Directions départementales interministérielles DDI
(création au 4 décembre 2009, au nombre de 2 ou 3 suivant les départements)
DDTM D D E A( v o i rc i - d e s s u s ) ,u n ep a r ti ed e s
D i r e c ti o n sd é p a r t e m e n t a l e sd e s s e r v i c e sd el aP r é f e c t u r ee td el ’ e x -
t e r r i to i r e se td el am e rpour les régions d i r e c ti o nd e sa f fa i r e sm a r i ti m e s( D D A M
littorales o uD I D A M )
e e 2 direction : DDCSPP et parfois 3 direction : DDPP et DDCS
erC r é a ti o na u1 j a n v i e r2 0 1 0
DDCSPP
E x - D D S Ve te x - D D C C R F ,u n ep a r ti ed e s
D i r e c ti o n sd é p a r t e m e n t a l e sd el a
e x - D D A S S ,e x - D D J Se te x - D é l é g a ti o na u x
c o h é s i o ns o c i a l ee td el ap r o t e c ti o nd e s
d r o i t sd e sf e m m e s
p opula tion s
DDPP pour les villes de plus de 400 000
habitants
E x - D D S Ve te x - D D C C R F
D i r e c ti o n sd é p a r t e m e n t a l e sd el a
p r o t e c ti o nd e sp o p u l a ti o n s
DDCS pour les villes de plus de 400 000
habitants U n ep a r ti ed e se x - D D A S S ,e x - D D J Se t
D i r e c ti o n sd é p a r t e m e n t a l e sd el a e x - d é l é g a ti o na u xd r o i t sd e sf e m m e s
c o h é s i o ns o c i a l e
1. Pour les missions en rapport avec la thématique de cet ouvrage : voir chapitre 1, paragraphes 5, 6 et 7.
2. Voir Delarras et al., 2010.Remerciements
À Christiane Delarras, mon épouse, pou