Des levures et des hommes : anthropologie des relations entre humains et non humains au sein d'un laboratoire de biologie, Of yeast and men : anthropology of relationships between humans and non-humans amongst a biology laboratory

-

Documents
393 pages
Obtenez un accès à la bibliothèque pour le consulter en ligne
En savoir plus

Description

Sous la direction de Bernard Traimond
Thèse soutenue le 05 mai 2010: Bordeaux 2
Cette investigation anthropologique touche aux types de relations qu'entretiennent les scientifiques, et plus particulièrement les biologistes, avec ceux que l'on a coutume de nommer leurs objets de recherche. Partant du constat que l'usage de catégories comme la rationalité ou l'objectivité, ou encore les dichotomies sujet/objet et nature/culture ne peuvent que nuire à un rendu de l'expérience scientifique qui tienne compte de ce qui importe réellement aux chercheurs, cette thèse se déploie autour d'un laboratoire et de l'observation minutieuse des interactions entre les deux espèces dominantes qui le définissent : l'Homme et la levure Saccharomyces cerevisiae, et interroge ainsi sous un autre angle des notions comme le réductionnisme, l'objectivité ou encore l'universalité des connaissances produites par les sciences occidentales.
-Ethnographie
-Sciences
-Laboratoire
-Levure
-Objectivité
-Universalité
This anthropological investigation concerns the types of relationships between scientists, and more specifically biologists, with those actually called their “research object”. From the assessment that the use of categories such as rationality or objectivity, or the dichotomies subject/object and nature/culture can only be prejudicial to a rendition of the scientific experiment which considers what really matters to the researchers, this PhD takes place around a laboratory and around meticulous observation of the interactions between the two prevailing species which define it : the Man and the Saccharomyces cerevisiae yeast, and question therefore with a different perspective notions such as reductionism, objectivity or universality of knowledge made from western sciences.
-Ethnography
-Science
-Laboratory
-Yeast
-Objectivity
-Universalism
Source: http://www.theses.fr/2010BOR21707/document

Sujets

Informations

Publié par
Nombre de visites sur la page 128
Langue Français
Signaler un problème

Université Victor Segalen Bordeaux II
École doctorale “Sciences Sociales. Société, Santé, Décision”
Année 2010 thèse n°

THÈSE POUR LE DOCTORAT DE L'UNIVERSITÉ BORDEAUX II
M ENTION : ETHNOLOGIE , OPTION A NTHROPOLOGIE SOCIALE ET CULTURELLE
Des Levures et des Hommes
Anthropologie des relations entre humains et non humains au sein
d'un laboratoire de biologie
Présentée et soutenue publiquement
Le 5 mai 2010
par
Charlotte B RIVES
Née le 10 juin 1981 à Périgueux
Sous la direction du Professeur Bernard RTAIMOND
Membres du jury :
Franck COCHOY, Professeur, Université de Toulouse le Mirail.
Sophie HOUDART, Chargé de Recherche, CNRS, Paris. Rapporteur.
Bruno LATOUR, Professeur, Sciences Po, Paris. Rapporteur.
Frédéric Le MARCIS, Maître de Conférences, Université Victor Segalen Bordeaux II.
Bernard TRAIMOND, Professeur, Université Victor Segalen Bordeaux II. Directeur.
12Résumé :
Cette investigation anthropologique touche aux types de rela tions
qu'entretiennent les scientifiques, et plus particulièrement les biologistes, avec ceux que
l'on a coutume de nommer leurs « objets de recherche ». Partant du constat que l'usage
de catégories comme la rationalité ou l'objectivité, ou encore les dichotomies sujet/objet
et nature/culture ne peuvent que nuire à un rendu de l'expérience scientifique qui tienne
compte de ce qui importe réellement aux chercheurs, cette thèse se déploie autour d'un
laboratoire et de l'observation minutieuse des interactions entre les deux espèces
dominantes qui le définissent : l'Homme et la Saclevurechar omyces cerevisiae, et
interroge ainsi sous un autre angle des notions comme le réductionnisme, l'obj ectivité ou
encore l'universalité des connaissances produites par les sciences occidentales.
Mots-clés : Ethnographie, Sciences, Laboratoire, Levure, objectivité, universalité.
Of Yeast and Men,
Anthropology of relationships between humans and non-humans amongst a
biology laboratory
Abstract :
This anthropological investigation concerns the types of relations hips between
scientists, and more specifically biologists, with those usually called their “research
object”. From the assessment that the use of categories such as rationality or objectivity,
or the dichotomies subject/object and nature/culture can only be prejudic ial to a
rendition of the scientific experiment which considers what really m atters to the
researchers, this PhD takes place around a laboratory and around the meticulous
observation of the interactions between the two prevailing species which define it: the
Man and theSac charomyces cerevisiae yeast, and question therefore with a di fferent
perspective notions such as reductionism, objectivity or universality of knowledge made
from western sciences.
Key-words : Ethnography, Science, Laboratory, Yeast, Objectivity, Universalism.
34Remerciements
Mes premiers remerciements s'adressent à mon directeur de thèse, le Professe ur
Bernard TRAIMOND.
Je remercie les membres du Jury, Mme Sophie HOUDART, Chargé de Recherche
au CNRS ; Mr Franck COCHOY, Professeur à l'université de Toulouse – Le Mirail ; Mr
Frédéric Le MARCIS, Maître de Conférence à l'Université Victor Segalen Bordeaux II
et Mr Bruno LATOUR, Professeur à Sciences Po Paris, qui ont bien voulu me faire
l'honneur de lire et donner un avis sur ce travail de recherche.
Ma plus profonde gratitude et ma plus sincère estime vont au Professeur B runo
LATOUR, qui m'a accompagnée dans mon travail durant les quatre dernières anné es, me
faisant ainsi bénéficier de son savoir et de ses conseils. Merci pour sa constante
disponibilité à mon égard, pour la pertinence et la profondeur de ses criti ques, toujours
bienveillantes, pour l'indéfectible confiance qu'il m'a accordée et pour son souti en moral,
précieux dans les heures difficiles que traverse tout doctorant. Merci pour l'amitié qu'il
m'a témoignée au fil du temps.
Je tiens à exprimer toute ma gratitude et mes sincères remerciements au
Professeur Hans-Jorg RHEINBERGER, qui m'a accueillie en 2008 pendant trois moi s au
sein du Max Planck Institut für Wissenschaftsgeschichte à Berlin, pour me permettre de
profiter de ressources bibliographiques inégalées en France. Je le remerci e pour ses
conseils et les livres qu'il a su très judicieusement placer entre mes mains.
Toute ma reconnaissance et mon amitié vont à Sébastien DARBON et Nicolas
JAUJOU, qui ont patiemment relu, commenté et annoté ce travail, me faisant p rofiter de
leur expérience, de leur savoir et de leurs conseils. Je les remercie également pour leu r
soutien, leur présence et le temps qu'ils m'ont accordé. Merci à eux pour leurs qualités
tant scientifiques qu'humaines.
Je tiens à remercier mes très chers levuristes, qui m'ont accueillie au sein de leur
équipe, m'ont permis d'être présente à leur côté et m'ont transmis une partie de leurs
5connaissances sur une incroyable peti bete «stiol e». Ce travail n'aurait bien évidemm ent
pu voir le jour sans eux, mais leur gentillesse, leur bonne humeur, leur ouverture d'esprit
et leur curiosité scientifique ont fait des mois passés avec eux des moments inoubl iables
et d'une très grande richesse.
Un grand merci à Lætitia EMERY, Sophie BLAIN, et François-Xa vier LE
BOURDONNEC, pour leur aide précieuse et leur patience dans la réalisation de s
illustrations de cette thèse, ainsi qu'à Anne-Laure BRIVES pour m'avoir soutenue et
montré, par l'exemple qu'elle a su être pour moi, que ce travail était possible.
Mon amitié et mon affection vont à Isabelle GENTY, qui a été présen te toute au
long de mes études en anthropologie, qui a su m'écouter, me conseiller et m'ai der dans
les dédales administratifs mais aussi dans les événements de la vie quotidienne.
Il m'est impossible d'exprimer tout ce que je dois à mes parents, qui m'ont
soutenue moralement et financièrement tout au long de ce difficile mais exaltant
parcours et sans qui ce travail aurait été impossible. Merci pour leur amour , leur
confiance, leur patience, et leur réconfort.
Je remercie tout particulièrement Thibaut TACONNET qui, durant plusie urs
années, a su m'accompagner, me soutenir et m'écouter. Ce travail n'aurait pas été tout à
fait le même sans lui.
Enfin, je remercie tous ceux qui m'entourent pour leur amitié et leur soutien : me s
soeurs, Anne-Laure et Agathe, pour leur amour et leur patience, et tous les membres de
ma famille ; Marie-Émilie DALBY, Marc BEAUDRY, et Emmanuel GENTILHOMME ,
pour tous les moments que nous avons partagés, ainsi que pour la richesse de nos
nombreuses discussions, passées et à venir ; Marine BOUTIN, pour sa bonne humeur,
son accueil chaleureux, et ses pâtes au pesto ; Carole FRARESSO, pour nos longu es
discussions autour d'un verre de Médoc ; Anna PREGER, Nicolas VIEILLESCAZES,
Romain GAZONNEAU et Elvire TACONNET pour leur présence et leur
compréhension ; Lætitia EMERY et Sophie BLAIN pour nos jolies soirées e t leur
inconditionnel soutien moral ; tous les membres de la Flower Ball nontronna ise, pour
avoir, par leur amitié et leur bonne humeur, rendu les derniers mois de mon doc torat plus
vivables, et tout particulièrement Anthony GAY DELETAGE, qui a apporté dans ma vi e
ce qui y manquait jusqu'ici...
6Sommaire
INTRODUCTION ..........................................................................................................13
Premier chapitre : Un dialogue avec la nature ? Entretien avec un levuriste. ..........33
I -A – Rencontre avec un levuriste ...................................................................................41
I-A-1 – Les enjeux du discours ............................................................................... 42
I-A-1a – Le contexte d'énonciation.................................................................... 43
I-A-1b – Définir les frontières et l'autonomie de la.. S.....c.i..e.nc....e............44...
I-A-1c – Le poids des histoire...........................................................................s 47
I-A-2 – De relations humains/non humains multiples et complexes à un fa ce à face
entre un sujet observant et un objet à connaître : mise en évidence du schèm e du
récit.......................................................................................................................... 49
I-A-2a – Eprouver les mots : de la difficile définition des relations homme-
levure .................................................................................................................. 49
1-A-2b – R&D vs recherche fondamentale, action vs compréhens...i..on........52.
1-A-3 – Un argumentaire naturali.......................................................................ste 55
I-A-3a – La levure comme « paradigme de la vi»...........................................e 56
I-A-3b – Une expérience de pensée : le retour de « l'irrationali s»m...e...........58.
I-A-3c – L'histoire des sciences comme épiphénomè..ne...............................60...
I-B – Méfiez-vous du levain des praticiens ......................................................................66
I-B-1 – D'une levure « scientifique » à une levure « génétique » : l'impact du
séquençage du génome de la levure selon Michel.................................................. 70
I-B-1a – Phylogénie de la le........................................................................vure 71
I-B-1b – La levure par le prisme du déterminisme généti............................que 74
I-B-2 – Du discours aux pratiques, de la maîtrise à l'ajustement : la levure-
scientifique-génétique expliquée par deux membres du laboratoire ...................... 78
I-B-2a – Qu'a-t-on réellement séquencé ?.......................................................... 80
I-B-2b – De la certitude au doute raisonné......................................................... 84
7Deuxième chapitre : Espace d'espèces, l'enchevêtrement des Umwelt des levure s et
des hommes .....................................................................................................................91
II-A – De quelques connaissances nécessaires à l'approfondissement des relations
humains / non humains. ....................................................................................................92
II-A-1 – Laboratoire, mode d'empl......................................................................oi 93
II-A-2 – L’Umwelt de la levure de laborat.oi...re............................................104.....
II-A-2a – De quelques connaissances fondamentales sur Saccharom yces
cerevisiae.......................................................................................................... 105
II-A-2b – De l’importance des milieux de culture.......................................108....
II-A-2c – De la maîtrise des courbes de croissanc..........................................e 110
II-B – S'ajuster à l'Umwelt de la levure ..........................................................................114
II-B-1 – la levure comme élément fondamental de l'Umwelt du cherche ........ur. 115
II-B-1a – De l'importance des sens, l'odorat et l......................................a vue 115
II-B-1b – Synchroniser humains et non hum .............................................ains 119
II-B-2 – la contamination ou la révélation de l’ordinaire du l....a...bora......123. toire
II-B-2a – Détection d’une anom.................................................................alie 123
II-B-2b – Le laboratoire, champ de..................................................... bataille 125
II-C – Règles de savoir-vivre à l’usage des levuristes ...................................................131
II-C-1 – La traçabilité, le rôle de l'écrit dans les relations hom......m...e.-l.132. evure
II-C-1a – Le congélateur, centre névralgique du laboratoi............................re 132
II-C-1b – La souche : la levure ajustée à l'expérimentate..ur........................136...
II-C-2 – La déférence............................................................................................ 143
II-C-2a – Sortir un tube du congélateur, rites de présentation et rites d’évitement
.......................................................................................................................... 144
II-C-2b – Le corps du chercheur comme source de souillure, repenser l es
frontières........................................................................................................... 146
II-C-3 – La vigila.............................................................................................nce 150
II-C-3a – On ne laisse pas traîner ses s.ouc...he....s....................................150.....
II-C-3b – Souches et chercheurs à la déri.....................................................ve 153
8II-C-4 – Classer humains et non hum .............................................................ains 155
II-C-4a – Le professionnalisme ou le respect des règles de savoir-vi...vre......157
II-C-4b – L'apprentissage des règles ou le devenir levuris............................te 159
Troisième chapitre : Le réductionnisme en pratique : la levure comme sujet ....165....
III-A – La levure, sujet interagissant avec les scientifiques pour répondre aux questions
biologiques .....................................................................................................................167
III-A-1 – De la constitution des suj..................................................................ets 168
III-A-1a – Réflexivité partagée, des conséquences de travailler avec des
scientifiques...................................................................................................... 168
III-A-1b – Où il est question de levures sauvages et de levures mutées, le socl e
commun aux approches déployées dans le laboratoi.re................................173...
III-A-2 – La biologie moléculaire comme pratique du laboratoire : prépa rer le sujet
qui répondra aux questions biologiques................................................................ 180
III-A-2a – Historique de la discipl...............................................................ine 180
III-A-2b – La biologie moléculaire comme pratique.. s...i..t.ué....e..............183...
III-A-2c – La biologie moléculaire, c'est pas de la. bi.......ol...ogi......e.........185..
III-A-2d – De l'importance de l'organisme de recherche pour comprendre le
statut de l'approche biologique utilisée, levures vs pla..............................ntes 187
III-B – la levure en situation d'interaction : poser autrement la question du
réductionnisme ...............................................................................................................193
III-B-1 – La levure de Pierre n'est pas une levure, c'est un sa.............................c 193
III-B-1a – Explication du sujet de Pie..........................................................rre 194
III-B-1b – Exclure la levure pour lui permettre de répondre aux questions .....200
III-B-2 – La levure du généticien, un « moteur biologique »? .............................. 204
III-B-2a – Explication de mon travail auprès de S....................................arah 205
III-B-2b – Une souche, une colonie, des levures : éviter les approxim ations
linguistiques...................................................................................................... 211
III-B-2c – A-t-on affaire à des organismes ou à des popula.t.i..ons.....?.........214.
III-B-2d – La population comme somme d'indivi..dus.................................219...
9III-B-3 – La biologie cellulaire : une éthologie de l....a.. l...e..vure..?...............223...
III-B-3a – Une anomalie dans l'interaction : les monstres. non dé.........223.sirés
III-B-3b – Une population d'individus unique................................................s 228
III-B-4 – La question du réductionnisme revisitée par le prisme de la l...e.vure..234
Quatrième chapitre : La belle cellule, ou comment revisiter la question de
l'objectivité scientifique ................................................................................................241
IV-A – Être capable de voir, être capable de montrer : comment produire des levures
figurées ...........................................................................................................................243
IV-A-1 – Être capable de voir, être capable de mont........................................rer 243
IV-A-1a – Comment expliquer que quelqu'un n'a pas vu ce qui pourtant était là
.......................................................................................................................... 244
IV-A-1b – De l'importance de savoir montrer, « tell me your secret »...........250.
IV-A-2 – Maîtriser les instruments, la compétence technique au service de la
preuve .................................................................................................................... 256
IV-A-2a – Carole et le microscope à épifluorescence...................................... 257
IV-A-2b – Apprendre à voir, les premiers pas de David en biologie cel260lulaire
IV-A-2c – Apprendre à montrer, devenir familier avec les outil.s..................267.
IV-A-3 – Savoir bien s'adresser à ses levures..................................................270.....
IV-A-3a – On ne prend pas de clichés de cellules cui..................................tes 270
IV-A-3b – Vers une redéfinition de l'objectivité, savoir faire bede ll ae «
science »........................................................................................................... 274
IV-B – Produire et stabiliser un fait, inventer et stabiliser un état ............278....................
IV-B-1 – D'une population d'individus uniques à la « belle cellul e», parcours d'une
objectivation réussie.............................................................................................. 280
IV-B-1a – Des blobs aux actin bodies : l'émergence d'une nouvelle structure
cellulaire........................................................................................................... 280
IV-B-1b – Une croissance polarisée nécessite-t-elle un cytosquelette pol arisé?
Compter, catégoriser, objective......................................................................r 285
10